Es que ese problema ocurre en la version de windows 2003 porque por cuestiones de seguridad las dll´s que generas de tus aspx al momento de subirlas las toma como "no seguras" y por lo tanto no las procesa... y lo que se debe hacer son 2 opciones.
1.- Irte al Microsoft .NET Framework 1.1 Configuration (panel de control) y desde ahi colocar las dll´s necesarias como trusted.. para que windows las tome como seguras y se pueda ejecutar tu aplicacion.
2.- Generar un strong name, agregarselo a tu assembly para que tenga la firma y cada vez que subas la dll ya no tengas problema en registrarla porque siempre va a confirar en ella gracias al strong name..
Checa bien que version de windows estas usando..
