existen limpiadores especiales para componentes electronicos, varios a base de alcohol isopropilico (este es un ejemplo
http://www.lorenzotools.com/verproducto.asp?id=840)por l oque no creo que el alcohol lo dañara l oque si pudo dañarlo es la forma en al que colocaste la grasa termica, si rallaste por error alguna parte del procesador(apoyo lo de buscar las imperfecciones con lupa)este se daña pues recuerda que estan hechos en micras ademas si con lo que l olimpiaste dejo rastros a modo de que algun integrado se interconecto con otro ahi puede estar el problema y el problema es que se amolo el procesador.
lo de los pines es para que supieras como funciona el encendido normal, si algo no es normal checa que los pines tengan conectados los cables correctos del gabinete si esto no es problema entonces ve que los pines no tengan forma de hacer contacto ya sea por encima o por debajo de la mother.