No soy un experto en este tema, pero eso tambien me paso a mi...
para eliminar lilo y volver a tener tu mbr de windows tienes que conseguir un diskette de arranque(yo use el de windows ME que puedes bajar de
www.bootdisk.com) bootear con el y una vez cargado ms-dos ejecutar
fdisk /MBR
reinicias y queda eliminado lilo :P