Bueno... lo que necesitas primero es poder generar una cadena que contenga una expresión correcta y luego pasarla por la función eval(). O sea, tienes que "escapar" los signos "$", pues no queremos que esas variables se interpreten... recuerda que queremos armar una expresión primero.
Código PHP:
$valores_horas= "'04:00','12:00','16:00','18:00'";
$expresion = "\$data[] = array(\$s, ACTYPE_NORMAL, \$valor_dia[0][1], $valores_horas,'');";
// Puedes ver la expresión que debías generar para verificar que esté bien:
echo $expresion;
//Ahora sí ejecutas la expresión
eval($expresion);
Saludos