Wenas, con el uso del ventilador de la cpu o de la tarjeta gráfica el eje de estos suele dañarse (torcerse un poco), entonces cuando enciendes el pc te hará ruido hasta que coja la suficiente velocidad como para que el eje quede en su sitio y entonces lo oiras normal, es normal que esto suceda, si se te vuelve muy pesado el ruido o persiste mas del arrancado, cambialo por uno nuevo.
Un saludo
Sucu