acabo de hacer una prueba y en MySQL si se pueden borrar registros de dos tablas a la vez:
Código:
delete master.*, detail.*
from master
inner join detail on detail.master_id = master.id
where master.id = 2
en el caso anterior me borro el registro con "id=2" y todos los registros hijos.
ver link:
http://www.forosdelweb.com/f21/queries-anidadas-mysql-310515/