Bueno lo solucione de esta manera:
.htaccess en /modulos/
Código:
RewriteEngine on
RewriteBase /modulos/
RewriteRule ^(.*).(.*) index.php
Y puse un index.php en la carpeta modulos que me redirecciona al index principal (porque si lo hago directamente con mod_rewrite me proboca errores con los CSS y javascript's (porque uso url relativas y no completas...)
Saludos.