Buenas
acabo de hacerme un programilla de prueba para probarlo. En el webservice tengo este codigo c#
Código:
HttpClientCertificate cert = Context.Request.ClientCertificate;
if (cert.IsPresent)
He agregado el certificado del CA en el IE y desde el IE me entraba bien. Pero llamando al web service desde una aplicacion Windows Forms, el certificado no llegaba, y el if daba false. Creo que esto es lo que te pasaba a ti.
Lo he solucionado metiendo en los certificados de pc, atraves de mmc en Autoridades raiz el certificado del CA mio. Igual es lo que te pasa a ti.
Supongo que tu tienes tu propio CA para crearte certificados tambie no?