Acabo de ver que si exportas como "EPS con previsualización TIFF" desde Freehand puedes decirle en que modo quieres exportar (rgb, cmyk). No sé si eso te servirá (yo no lo he utilizado nunca).
pero lo que se me ocurre es que después de exportar en Freehand a jpg en rgb, lo abras con photoshop y le cambies a cmyk.
Es una idea.