Qué tal,
con esto
window.opener.document.formulario.nombre.options[0].value="a";
window.opener.document.formulario.nombre.options[1].value="b";
cambias el atributo value de la opción pero no su texto. Para cambiar además el texto debes usar el atributo text
window.opener.document.formulario.nombre.options[0].text="a";
window.opener.document.formulario.nombre.options[1].text="b";