La verdad es que no tengo ni idea de por qué te puede pasar ésto, pero en principio no creo que esté relacionado.
Eso sí, lo que comentas de las actualizaciones... Creo que deberías estar actualizado siempre, a veces (y sobre todo con yum) puede ser un coñazo, pero puedes utilizar apt para que no se te haga tan pesado.
Es normal que FC3 te proponga tantas actualizaciones, ya tiene tiempo, y el software libre se desarrolla a una velocidad asombrosa, ¿por qué no actualizas a FC4?
Fedora Core 4:
http://fedora.redhat.com/download/#download
Para utilizar apt en Fedora Core, googlea un poco. No es tarea dificil, aquí tienes una explicación paso por paso que, aunque está desfasada, puede que te ayude bastante:
http://www.zonatecnologia.com/foro/t...r-apt-get.html