Pues no veo tanta bronca si lo metes así, por ejemplo:
Código PHP:
<?
while($tuwhile=tal_consulta($de_tal)) {
?><input type="button" value="Aceptar" class="botones" style="position:absolute;top:240px;left:350px;" onClick="javascript:ventanaSecundaria ('pdf_constancia.php?var=<? echo $rfc; ?>')" ><? } ?>