El script del menú fijo (que por cierto a ver si lo actualizo) lo que hace es mover esa capa a unas coordenadas concretas en la ventana (no en el documento). Si lo metes en otra capa ... pues se saldra de la capa en el momento en que el documento se mueva con el scroll.
¿Era eso lo que preguntabas? es que no me quedó tampoco muy clara la pregunta.
Si la idea que tienes es que el desplegable del menú se cargue dentro de la capa del script del menú fijo, entonces es lo que te comenté en mi primer mensaje, habría que modificar el script del coolmenu para que se incluyeran los desplegables dentro de esa otra capa.
