Hola:
Recuerdo que para hacer una librería gráfica (hace algunos años) debía definir un punto, y me pareció lo más correcto usar una capa de 1x1, y tuve el mismo problema con explorer, es como implementasen las capas añadiendo un retorno de carro...
La solución que le dí era darle el atributo overflow: hidden.
Saludos
