En el tamaño afectan sin lugar a dudas. En la velocidad depende de si podes escribir esas funciones y hacerlas mas rapidas
La unica posibilidad de optimizacion que le veo es QUITAR todas las funciones que provee la Run Time Library de C (no se si ese arcaico compilador/enlazador tiene esa opcion) y escribir todas las funciones uno mismo, si te interesa escribi hace algun tiempo unos tutoriales al respecto, pero es algo un tanto complejo.
En sintesis, en la amplia mayoria de los casos es lo correcto, para eso estan las librerias standard (ojo que conio.h no es standard ni mucho menos) para ser reutilizadas. Si queres el programa mas compacto posible hay que sacrificarse y escribir TODO.
PD. Yo no me preocuparia demasiado y cambiaria de inmediato de compilador, MS-DOS esta muerto, ya tenemos los procesadores de 64 bits a la vuelta de la esquina y una grata sorpresa de Microsoft, no soporta procesos de 16 bits
