Ahora entiendo!!!
Lo que necesitas es que no puedan abrir los swf, que todo lo llame el exe, aunque dices que son ejecutables los que llama, que no creo, seguro son swf's llamados por loadMovie.
Se logra poniéndoloes contraseña, tu exe tiene las contraseñas y las pasa a los swf y así abren, pero si no hay un exe que pase las contraseñas entonces simplemente no abren, creo que tengo por ahí un ejemplo para hacer eso, deja buscarlo.
Sobre afectar la producción, pues, un poco ya que tienes que generar un disco con su propia contraseña por cada disco (valgáme la expresión), y es uno por uno, así que si es lento, pero seguro, evita la copia, y si lo bajan a c: también pide el archivo original, depende de para que lo quieras.
Busco el ejemplo y te aviso.
Ciao