Problema con una Comparación incorrecta entre dos variables

[jjrolevio]

Buenas tardes a todos, espero me podáis ayudar con lo que me sucede:

Este es el codigo:

if (valor>=valor2)
{
confirmar=confirm("La cantidad solicitada del producto es de: "+valor+" und de: "+valor2+" und de las que dispone el producto. En caso de querer continuar, las unidades que excedan de las que tiene el producto, se pasarán como RE (reservar). ¿DESEA CONTINUAR?");
if(!confirmar)
{
document.getElementById(cantidad).focus();
return false;
}
}

Lo que pasa es que a la hora de compararme valor>=valor2 me los compara mal, me explico. Si valor=5 y valor2=80 pues me funciona correctamente, pero si pongo valor=5 y valor2=48 no me funciona y no pasa por confirmar.

Me he dado cuenta que el error está cuando pongo un número mayor en valor2, por ejemplo valor2=45 y el primer valor tiene el primer digito más alto que el primer digito de valor2, por ejemplo el anterior valor=5 y valor2=45. En este caso es en el que falla, pero el qui de la cuestión es como si sólo me contemplara los primeros digitos de valor y valor2. Pero como he dicho en el caso de valor=5 y valor2=70 si me funciona, por lo que yo no le veo lógica, aunque si veo el error comentado.

Espero me podáis ayudar.