Pues igualmente necesitas crear una instancia de la clase que quieres usar asi:
Código PHP:
//importas la clase
<%@ page import="algunPaquete.MyClasse"%>
//la instancias
<%! MyClasse objeto = new MyClasse()%>
//la usas
<%
objeto.algunMetodo("parametro1","otro parametro :)");
%>
Es importante que tu clase este dentro de la carpeta
WEB-INF/clases y si tienes paquetes, pues ahi tambien van
have funn