Qué al
Roly1978,
el script que estás usando (el original) yá contempla (o contemplaba) la posibilidad de que una ventana hija se cierre en forma manual para no dar error y continuar con el proceso normalmente.
No sé por qué le has hecho esos cambios. Has quitado líneas imprescindibles para el correcto funcionamiento del script, por eso te ha estado funcionando mal.
Dejando el script tal cual es el original (incluyendo sus créditos también) obentadrías lo mismo con menos líneas y sin tener que agregar código a los documentos que se cargan dentro de las popup