Para solucionar el problema de los menus emergentes, que se ven debajo de un swf, tenes que cambiar el código de la animación en el programa que estes armando la página.
Codigo de un swf normal:
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="119" height="150">
<param name="movie" value="../Main/banner_ghm.swf">
<param name="quality" value="high">
<embed src="../main/banner_ghm.swf" quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="119" height="150"></embed>
</object>
Codigo de un swf para que se pueda ver un menu por enciama(observa lo que esta en verde:<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="440" height="200" class="ESPACIO">
<param name="movie" value="banner_nokia.swf">
<param name="quality" value="high"/>
<param name="wmode" value="opaque"/>
<embed src="banner_nokia.swf"
wmode = "opaque" quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="440" height="200"></embed>
</object>