una difícil.... (creo)

[_CN_]

No es difícil, en absoluto.
No voy a ponerte un codigo exacto porque es probable que te lo pusiera en un lenguaje y tu lo necesites en otro.
No obstante, yo lo haria de este modo usando PHP.

Los enlaces a los ficheros que quierse controlar, en vez de escribirlos como un enlaces al fichero en concreto, yo lo pondria como un enlace a descargas.php?fichero=NombreFichero
Despues, en el fichero descargas.php realizaria el proceso de conteo, que puede hacerse con en un fichero normal o en una base de datos, con una tabla con dos campos, uno para el numero de descargas y otro para la ruta del fichero.
Para hacer los calculos, simplemente incrementaria en uno el contador, ya sea desde un archivo o desde la base de datos.
Luego con un simple header("Location: $fichero"); enviaras al navegador la orden de redirigir la descarga hacia el fichero correcto.
Espero que te sirva y que me haya sabido explicar :)