yo te recomendaria usar BEANS y clases para que sea una metodologia POO y asi poder darle un buen mantenimiento a tu sistema, en cuanto a lo que dices de que si se ejecutan cada vez que las llamas..... JSP no levanta un proceso sino levanta THREAD's que es mas optimo que un proceso
Cita: Los Servlets inician un nuevo thread, hilo, (mas que un nuevo proceso) con cada petición. Cada servlet es cargado una vez y usado más y más. Nota que a diferencia de los CGI, los servlets requieren que se cuente con una Máquina Virtual de Java (JVM) corriendo sobre el servidor todo el tiempo. Para sitios ocupados, ésta permite a los servlets usar mucho menos los recursos del sistema e incrementar el desempeño.