Código PHP:
<?php
$a = array('0','1','2','','','5','6');
foreach ($a as $nombre=>$datos)
{
if (empty($datos))
{
unset($nombre);
}else{
echo "abajo es else<br>";
echo $nombre." => ".$datos."<br>";
echo "-------<br>";
}
}
?>
Esto sería un ciclo q recorrería el array (en tu caso $_FILES) y destruye las q estan vacias y dejan las otras, puedes ver la forma de implementar esto a tu código.
saludos cuidate