Al parecer mi pregunta no fue muy clara, pero gracias por responder.
Al tipo de relación que me refería es a nivel de la base de datos y que haya actualización en cascada, amarrar por la base de datos que no se pueda borrar un registro y el maestro no se ha borrado y ese tipo de cosas.
Pero te comento que ya encontré la forma de hacer. Lo que pasaba es que yo creaba las tablas MyISAM y este tipo de tablas no soportan relaciones a nivel de la base de datos, pero las InnoDB si lo soportan.
Aún estoy anilizando que tanto me conviene utilizar este tipo de tablas, cualquier cosa les dejo saber.