Hola!
A ver... exactamente no se que le pasaba a tu codigo pero el utilizar las rutas XPath de la forma ./Checkbox/elemento/name no es la mas apropiada.. y como tu código no era completo no he podido generarte un codigo acorde a ese tipo de rutas.
Te he reconstruido tu XSL con templates para que no dependan las rutas XPATH del nodo en el que te encuentres y el codigo es mas claro haciendolo de esta forma (al menos para mi). Lo he probado y funciona perfectamente.
Código:
<?xml version="1.0" encoding="iso-8859-1"?>
<xsl:stylesheet xmlns:xsl="http://www.w3.org/1999/XSL/Transform" version="1.0">
<xsl:template match="/">
<html>
<body>
<table border="0">
<xsl:apply-templates select="Checkbox" />
</table>
</body>
</html>
</xsl:template>
<xsl:template match="Checkbox">
<xsl:apply-templates select="elemento" />
</xsl:template>
<xsl:template match="elemento">
<tr>
<td>
<input type="checkbox">
<xsl:attribute name="name"><xsl:value-of select="name"/></xsl:attribute>
<xsl:attribute name="value"><xsl:value-of select="value"/></xsl:attribute>
</input>
</td>
<td>
<xsl:value-of select="value"/>
</td>
</tr>
</xsl:template>
</xsl:stylesheet>
Suerte!