Pues te remito a un excelente recurso si quieres profundizar tus conocimientos en el tema:
http://www.theserverside.net/article....tss?l=IIS_ASP
Resumiendo sería, configurar el directorio virtual para que asp.net maneje los archivos con extensión pdf, luego agregando las siguientes líneas al web.config:
<httpHandlers>
<add verb="*" path="*.pdf" type="System.Web.UI.PageHandlerFactory"/>
</httpHandlers>
Saludos