Lo mejor para diagramacion?

[Caminante]

Para diagramar que?

Vectoriales
illustrator, Corel, Freehand ademas de los open source

Editoriales
Page maker, indesign, Quark, ventura, incluso en latex.

Ahora los programas editoriales tienen sus trucos como los vectoriales, todo depende lo que vayas a realizar pero:

Cuida los vinculos
No forces fuentes

Son un par de recomendaciones base, y de preferencia no uses fuentes que sean problematicas con sistemas postcript.