Hola GSMDN:
Mucho me temo que cuando incluyes un archivo .js, este se carga cada vez que llames a la página. :(
La contrapartida es que teniendo todas las funciones en un único archivo, es suficiente referenciarlo para tener todas las funciones disponibles para todas las páginas que quieras.
Los los .css, otro tanto de lo mismo.
Korrikalari