Lo se, lo que he echo ha sido mantener los nameservers como si tuviera el dominio parked en godaddy pero he modificado los registros dns de forma que el registro A apunte a la IP del servidor del nuevo host. Por lo menos asi funciona todo bien.
Antes estaba usando los nameservers ns1.host7x24.com y ns2.host7x24.com que pertenecen al proveedor Amen.es pero segun pude ver parece que el nameserver 2 no proporciona datos correctos para resolver el dominio.
Un saludo