Cuando se accede como reseller a WHM no aparecen las opciones de transferir cuentas de otros servidores, tendrás que pedírselo a tu proveedor de hosting para que acceda como root a WHM.
También puedes hacer un backup desde el panel de control de cada cuenta, crear las cuentas vacías en el nuevo servidor y restaurar el backup desde el panel de control de cada cuenta en el nuevo servidor.
Esto último puede ser muy pesado si tienes 50 cuentas, seguro que si se lo pides a tu nuevo proveedor de hosting te ayuda con las transferencias...