Igual de parte de CSS podría ser la solución... pero no capto el problema: ¿una capa quieta?, en una posición absoluta?, ¿relativa??... que se esté "paseando" por la página???...
en realidad solo en el último caso (una capa verdaderamente movible) se haría uso de JavaScript... solo para decirle a CSS dónde debe posicionarse la capa en X tiempo, osease, solo porque la posición sería variante...
Suerte!
... hay que explicarse mejor para poder ayudarte mejor...