Acabo de leer en el manual que en la versión 4.0 de mysql tienes que referenciar a la tabla a borrar por el nombre real de la tabla. Además, las condiciones de relación de las tablas no parece que puedan ir igual que en el join, sino que se pongan en la parte del where del delete, con esto sería:
Código:
DELETE Curs.* FROM Curs, Centre Ce
where Curs.id_centre = Ce.id_centre and baixa = 1
Un saludo.