Saludos!

... se te agredecería hicieras uso de los recursos del foro para poder ayudarte mejor, básicamente me refiero a la opción de colorear el código usando las etiquetas [ PHP] y [ /PHP] (sin espacios) ó usando los respectivos botónes del editor...
Ahora bien... la FAQ esta bien explicada, si no pudiste con ella te sugiero otra cosa:

dale "names" diferentes a tus cajas de archivo... entonces al recojer repite el proceso

así de simple:
Código PHP:
$nombre= $_FILES['archivo_uno']['name'];
// ... todo para subirlo directamente
// luego repito lo mismo
$name= $_FILES['archivo_dos']['name'];
¿cuál es el problema???... digo, que soluciones tu situación, lo ideal sería ocupar matricez y un ciclo como en la FAQ... dale una busqueda a el foro para que lo estudies mejor...
Suerte!