no he usado el oponer, pero se me ocurre que manejes en el popup el nombre de la ventana principal, y cuando le des al vinculo con windows.open("url",NOMBRE,"features")
por ejemplo:
cuando cargas la principal lo haces con windows.open("paginaprincipal.htm","PagPrin","")
ya sabes que el nombre de esa pagina es: "PagPrin"
y desde el popup le dices a el vinculo que realice un windows.open("PagResultado.htm","PagPrin","");
Código:
<A HREF="javascript:windows.open("PagResultado.htm", "PagPrin", "")">Vinculo</A>
espero te funcione... repito es una forma, no he trabajado con opener que dijo Holden.
Saludos