La funcion is_dir devuelve un bolean diciendo si es o no un directorio.
Como estas tratando con directorio lo mejor es poner la ruta absoluta, que seria.
$_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/carpeta/";
En este ejemplo tienes dentro de tu folder principal la carpeta "helps"
Código PHP:
<?php
if(is_dir($_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/helps/")==1){
echo "si es";
}
else{
echo "no es";
}
?>
Si notas verifico con 1 si es positivo e imprimo que si es, si no me devuelve el numero 1 es que no es un directorio.