No necesitas hacer una función aparte cuando window.close() es ya una función.
Prueba con:
Código:
<html><head></head><body>
<?php
if ($rdoconsulta[0] == "")
echo "<script>\nalert('El usuario ".$_POST['Dni']." no tiene acceso');\n window.close();\n</script>";
?>
</body></html>
ojalá sirva...
Edito: Lo que debería hacer lo que puse es que de cumplirse la condición manda un mensaje de alerta y debería de cerrarse la ventana de forma consecutiva... si quieres evitar ese mensaje y ponerlo dentro del cuerpo de la página pero entonces deberías de retrazar la función para cerrar la página pués de otra forma no se alcanzaría a leerlo... para ello ocupa
setTimeOut().