confirm de javascript en asp.net

[Nombela]

Hola estoy intentando meter un confirm parecido al de javascript pero despues de un if y no veo ningun ejemplo donde se haga, son todos en los eventos de los botones.

alguien me podria dar alguna idea???

mi codigo seria algo asi:
if (Directory.Exists(Server.MapPath("").ToString()+"//Clientes//"+NuevoCliNombre.Text))
{
string strScript;
strScript = "<script>";
strScript += "var actua=confirm('El directorio actual ya existe desea actualizarlo?')";
strScript += "</script>";
Page.RegisterStartupScript ("ClientScript", strScript);
}


gracias.