supongo que sabrás que la manera de hacer eso es exportando los datos a ficheros separados por un delimitador. PHPMyAdmin tiene un importador de ese tipo de datos pero no es muy recomendable.
Yo personalmente me creo mi propio script php para así poder parsear los datos y convertir los campos fecha, eliminar caracteres especiales, etc ... No puedo decirte ningun ejemplo en especial pero si deberías de mirar los siguientes enlaces:
http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/load-data.html http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/load-data-local.html
Hay muchos ejemplos por inet si buscas bien.