No necesitas hacer conexiones, la misma conexion se hace cargo de acceder a la otra DB.
Si tu conexion tiene a "base1" seleccionada como Initial Catalog entonces puedes hacer algo como:
Código:
SELECT *
FROM dbo.tabla t1 --base1 no es necesario por que YA estas ahi
INNER JOIN base2.dbo.otratabla t2
ON t1.llave = t2.llave
Y tu conexión original se encarga de meterse a la DB "base2", por que eso se hace a nivel de SQL y no de aplicacion/conexion (VB, ASP o lo que estés haciendo)