Huy, acabo de darme cuenta de otra cosa....
al llamar a la función diría que estás pasando
un sólo valor
al hacer el alert tal vez te aparezcan todos, pero en realidad creo te está mostrando uno sólo que incluye todas los valores agrupados en una sola variable
Agrega estas comillas que te marco en rojo a la llamada a la función
Código:
<a href="javascript:BaixaTripulante('<%=Request.QueryString("MATRICULA")%>','<%=Request.QueryString("FOLIO")%>','<%=RstTriDet("DNI")%>','<%=response.Write(DataAltaEmbar)%>')">