El servidor MySQL tiene una configuración por defecto, que es la que tendrás si no has personalizado el fichero /etc/my.cnf
Esa configuración por defecto no es muy óptima. En función de la memoria que tenga el servidor y del uso que le des puedes variar los buffers, caches de tablas, índices, etc. Te dejo un par de direcciones donde hablan de este tema y sugieren algunos ejemplos de configuraciones:
http://forum.ev1servers.net/showthre...threadid=20983 http://www.webhostingtalk.com/showth...hreadid=275399
El primero es un poco antiguo pero sigue siendo interesante...