Creo a mi me paso algo similar al instalar un HD en una placa MSI, el problema es que el bios tiene activado por default los discos Serial ATA.
Así que si no tienes estos discos lo que debes hacer es desactivar esta opción en el bios. Yo con esto resolví el problema y ahora me reconoce perfectamente el HD.
Espero haberte ayudado.
Saludos.