El tema es el siguiente:
1-el usuario se da de alta.
2-Guardas sus datos en la base con un numero aleatorio creado (si usas numeros y letras mejor).
3-Generas un envio de email automatico a la direccion que ingreso el usuario.
En dicho email pones unlink que apunte a una pagina que valide los datos.tipo
Para dar de alta su cuenta haga clic aca:
http://www.tusitio.com/confirma.php?...delusuario.com
4-cuando ingresa a la pagina tomas los datos del email y del key y si son iguales a la pareja de tu base , listo los das de alta.
Saludos.