
... Bueno, haz dicho... es error de JavaScript y este es un foro de PHP...

y yo no sé de JS

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Tu función JS es independiente... hazla funcionar estáticamente y luego aplicala a PHP. Para hacer que su funcionamiento depende de PHP solo tienes que mandar a imprimir los valores que requieras en los lugares adecuados... por ejemplo:
Código PHP:
<?
$mensaje= "Hola mundo!!!";
// $mensaje podría tomar uno u otro valor dependiendo de PHP
echo "<script>alert(\'".$mensaje."\');</script>";
// :-D tu función JS que sabes funciona de forma estática... solo la imprimes
?>
... supongo todo esto debe estar claro... pero solo por no dejar de comentarlo... no puedes hacer que PHP dependa de JS sin al menos recargar la página... por ejemplo esto estaría mal:
Código PHP:
<input type="buttom" onClick="<? mysql_query("...") ?>">
Suponiendo que se quiere hacer una consulta al precionar un botón...

...