Cita: boot.ini aún cuando esta direccionado por el sistema de archivos
Haz la prueba y veras,
Haz una copia de seguridad y de boot.ini en una pc con win98 y otro win posterior 2k xp 2k3 y borra el archivo y trata de iniciar tu pc, lo logico seria que iniciara windows98 ya que SEGÚN TU win 98 no usa boot.ini, y cuentame que te paso.
PD:No te asustes si no inicia o te pide el archivo boot.ini lo podras restaurar, desde ms-dos:
1.-Siempre y cuando el disco de inicio acepte el formato de archivos que tienes instalado.
2.-El nombre del archivo seria en formato corto, asi que no te preocupes si no lo encuentras en un principio(boot~1 o algo asi.)
YO JAMAS TRATO DE CONFUNDIR SI ES ALGO DE LO QUE NO ESTOY SEGURO LO MENCIONO Y DE LO CONTRARIO LO AFIRMO, PERO ESTAS CONFUNDIENDO A ALGUIEN CON TU FALTA DE EXPERIENCIA.