Supongo que el problema estará en que en la base de datos has guardado enters y en html los saltos de línea se hacen con <br>
Prueba a cambiar los lastos de línea por <br>.
El código sería:
Código PHP:
String cadenaBaseDatos = "texto recuperado de la base datos";
String cadenaMostrar = cadenaBaseDatos.replaceAll("\n", "<br>");
<%=cadenaMostrar%>
Espero te sirva,
saludos
kripton