Hola Alejandro. Guardar una selección en photoshop, sirve para después cargarla en una capa o modificarla directamente en el canal según nuestras necesidades.
Les dejo una animación que acabo de hacer para evidenciarlo visualmente. Como ven al momento de guardar la selección, la guarde como verde en un canal independiente del RGB.
saludos y espero que ahora si haya quedado claro.