Muy buenas:
Bueno eliminar el menu de arranque que te aparece al arrancar el ordenador tienes que hacer lo siguiente. Primero tienes que buscar el fichero boot.ini, es un fichero oculto y está emplazado en c:\boot.ini. Una vez que lo tengas tienes dos opciones, la primera modificar ese fichero para que directamente siempre te arranque con windows 98 o la segunda y mas sencilla, borrarlo y a olvidarse del problema

.
Pero, seguramente mucha gente diga

.... ¿como puedes decir borrar el boot.ini, estas loco

?. En este caso si que podemoa hacerlo porque windows 98 funciona sin ese fichero perfectamente, solo con las versiones superiores (w2000 y windows xp) si borramos ese fichero podemos tener problemas para arrancar el ordenador.
Un saludo.