En la documentación oficial de Apache viene la solución a tu problema.
Debes de configurar el directorio que desees proteger con
Allow y
Deny dentro de la directiva
Directory .
En este enlace explican cómo funcionan: <a href='ir.asp?http://httpd.apache.org/docs/howto/auth.html#allowdeny' target='_blank'>http://httpd.apache.org/docs/howto/auth....</a>
En este otro esta lo correspondiente a
Direcroty : <a href='ir.asp?http://httpd.apache.org/docs-2.0/mod/core.html#directory' target='_blank'>http://httpd.apache.org/docs-2.0/mod/cor...</a> en este hay ejemplos muy descriptivos.
Suerte,
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Ricardo Abraham