Para .net no hay nada mejor MS SQL server... eso es un hecho.
Las limitaciones de msde, son bastantes si lo comparas con SQL server... pero si tu aplicacion no es demasiado pretensiosa, pues esta bastante bien; digamos q la gran diferencia esq no tienes ninguna interfaz (el query analizer y el enterprise manager, q son los q mas se usan) msde solo te crea la instancia de SQL, pero si vas a trabajar con visual studio o web matrix desde ahi mismo puedes crear tu base de datos, tablas, stored procedures etc... Esta limitado pero sinceramente para .net es bastante mas recomendable q otros manejadores como mySQL por ejemplo.
si quieres conocer mas acerca del tema y bajarte MSDE date una vuelta por estos enlaces:
http://support.microsoft.com/default...d=kb;es;321518 http://www.microsoft.com/downloads/d...displaylang=es
Saludos!